Úvod
31. prosince 2019 bylo ve městě Wu-chan v provincii Chu-pej v Číně identifikováno 27 případů pneumonie neznámé etiologie. Wu-chan je nejlidnatější město ve střední Číně s počtem obyvatel přesahujícím 11milionů. Tito pacienti se projevovali klinickými příznaky v podobě suchého kašle, dušnosti, horečky a oboustranných infiltrátů plic. Případy byly spojeny s wuchanským huananským velkoobchodem s mořskými plody, který obchoduje s rybami a různými živými živočišnými druhy, včetně drůbeže, netopýrů, svišťů a hadů. Jako příčina těchto symptomů byl identifikován ze vzorků krčních výtěrů provedených Čínským střediskem pro kontrolu a prevenci nemocí (CCDC) dne 7. ledna 2020 virus a následně byl pojmenován coronavirus-2 závažného akutního respiračního syndromu (SARSCoV- 2). Tato nemoc byla pojmenována COVID-19 Světovou zdravotnickou organizací (WHO). K dnešnímu dni se u většiny pacientů infikovaných SARSCoV- 2 vyvinuly mírné příznaky, jako je suchý kašel, bolest v krku a horečka. Většina případů se spontánně vyřešila. U některých se však vyvinuly různé fatální komplikace včetně selhání orgánů, septického šoku, plicního edému, těžké pneumonie a syndromu akutní respirační tísně (ARDS). 54,3 % lidí infikovaných SARS-CoV-2 jsou muži se středním věkem 56 let. Zejména pacienti, kteří vyžadovali podporu intenzivní péče, byli starší a měli mnohočetné komorbidity, včetně kardiovaskulárních, cerebrovaskulárních, endokrinních, zažívacích a respiračních onemocnění. U pacientů s intenzivní péčí bylo také častěji hlášeno dušnost, závratě, bolesti břicha a anorexie. U pacientů s podezřením na infekci by měly být vyžadovány rozsáhlé laboratorní testy. Pacienti mohou mít zvýšený C-reaktivní protein, rychlejší sedimentaci erytrocytů, laktátdehydrogenázu, kreatinin a prodloužený protrombinový čas. Měla by být také provedena vyšetření na jiné respirační patogeny. Současná hlášená úmrtnost na COVID-19 je přibližně 3,4 % ve srovnání s 9,6 % pro SARS a 34,4 % pro respirační syndrom na Středním východě (MERS). Dosud bylo prokázáno, že COVID-19 má průměrnou inkubační dobu 5,2. V terapii se zvažuje podání remdesiviru, které bylo úspěšně aplikováno v rámci Všeobecné fakultní nemocnice v Praze.
Odběr
Odpovídajícím materiálem je výtěr z nosofaryngu, doplněný o výtěr z orofaryngu. Důvodem výtěru z nosohltanu je cílit na místo primárního pomnožení viru v horních dýchacích cestách, na zadní stěně orofaryngu je virus zpravidla přítomen v souvislosti s kašláním při postižení dolních dýchacích cest. Obě tato místa lze setřít stejnou výtěrovou štětičkou nebo dvěma výtěrovými štětičkami zvlášť, ale poté je nutné je vložit do jedné odběrové zkumavky s tekutým virologickým transportním médiem. Dle doporučení se odběr provádí umělohmotnými jednorázovými výtěrovými štětičkami, na jejichž konci je kartáček vyrobený z umělého vlákna (např. z polyesteru Dacron nebo nylonu). Důvodem je, že jiná hmota, jako papír, buničina či dřevo inhibují PCR reakci. Takto odebraný materiál lze uchovávat v chladničkové teplotě 2 až 8 °C po dobu až 72 hodin. Základem většiny transportních médií je pufr o osmolaritě fyziologického roztoku, protektivní bílkovina (bovinní sérový albumin), antibiotika (Penicilin, Gentamicin) popřípadě antimykotika. Transportní zkumavka, pokud je to možné, se doporučuje se závitem, jiné alternativy zvyšují při otevírání tvorbu aerosolu.
Diagnostika
Diagnostika má své principy a doporučení vycházející ze stanoviska odborné Společnosti pro lékařskou mikrobiologii vypracované ve spolupráci s Národní referenční laboratoří SZÚ pro chřipku a nechřipková respirační virová onemocnění. Samotné vyšetření je započato extrakcí RNA z virologického transportního média a následné real time PCR analýzy. Dle doporučení WHO je potřebě stanovení minimálně dvou oblastí virového genomu pro účely detekce SARSCoV- 2. Standardně doporučované cílepro detekci zahrnují otevřené čtecí rámce ORF1ab (tedy geny pro RNA-dependentní RNA polymerázu RdRP), nukleokapsidový protein N, obalový protein E a povrchový glykoprotein S, a to vždy v kombinaci s interní kontrolou detekce.
Testování v naší laboratoři
Testování v naší laboratoři Laboratoř Praha, CUBE patří mezi největší mikrobiologické laboratoře v ČR, 2150metrů čtverečních, více než 700 měřidel, 60 pracovníků. Provádí se zde komplexní mikrobiologická vyšetření (bakteriologie, mykologie, parazitologie, molekulární biologie) a genetická vyšetření, laboratoř dále provádí konzultace získaných výsledků a nabízí služby ATB střediska. V roce 2012 obdržela laboratoř rozhodnutím Státního ústavu pro kontrolu léčiv povolení k vyšetřování vzorků dárců tkání a buněk podle zákona č. 296/2008 Sb. Společnost synlab czech dostala povolení k testování SARS-CoV-2 13. 3. 2020, jako 21. laboratoř v ČR a dnem 16. 3. začala provádět testování. Do současnosti má tato laboratoř otestováno přes 28 tisíc vzorků. Hned od začátku byl upraven provoz laboratoře a zajištěn směnný provoz, tak aby bylo pokryto jak spektrum rutinních vyšetření, tak testování COVID-19.Na počátku nám na testování koronaviru stačilo 6 laborantek, brzy po zahájení jsme ale museli tým posílit o laborantky z bakteriologie a imunologie, abychom nápor vzorků zvládli, následně se tři týmy po 4 lidech střídali v osmihodinových směnách a pracovalo se i o víkendech. Další skupina lidí vzorky přijímala, rozbalovala a zapisovala, VŠ analytičky je vyhodnocovaly a lékaři validovali. Dalším úkolem bylo zajistit vhodné podmínky pro testování, byl přemístěn laminární box přímo na příjem vzorků, které jsou samostatně přijímány a hned na příjmu v laminárním boxu dojde k jejich rozbalení, kontrole, identifikaci a zapsání do LIS. První vzorky byly z odběrového stanu a urgentního příjmu ÚVN, kde jsme si postupně vytvořili vazby a vzájemná komunikace pak vedla k bezproblémovému chodu. Na to navazovalo i nastavení logistiky svozové služby. Následně přibyly další subjekty, severočeské nemocnice, odběrové stany středočeské záchranky, ÚPMD. Následně nás o pomoc při testování oslovil také SZÚ. Hygienou byla laboratoř oslovena o spolupráci při testování domovů pro seniory a LDN, kde jsme nejen testovali, ale také byla naší společností poskytnuta pomoc při stanovení protilátek ve spolupráci s Laboratoří Praha, Jankovcova. Domovy pro seniory a LDN byla velice náročná práce, šlo o testování odebraného velkého počtu vzorků (jednalo se o 50–300 vzorků z jednoho subjektu. Šlo o vzorky od velice starých pacientů, vše proběhlo velice rychle, bylo nutné vždy vzorky identifikovat, zajistit, aby nedošlo k jejich záměně atd. Kvaliní práce však přinesla první plody a požádala nás o testování také ochranka prezidenta ČR. V současné době testujeme převážně jednorázově domluvené subjekty, jako například Českou asociaci fotbalových klubů, zaměstnance znovuotevřených firem, podílíme se na testování lidí zařazených do klinických studií a hlavně pendlery a samoplátce. Procento pozitivních vzorků otestovaných v rámci naší laboratoře odpovídá statistickým datům v ČR.
Autor:
RNDr. Ing. Libor Staněk, PCTM